Борис Кукшиев рисует в различных жанрах: портрете, натюрморте, жанровой картине, пейзаже, а также в монументальной росписи. Север, его архитектура и природа - одна из основных тем творчества.

Художник является автором росписи стен в некоторых зданиях городов Карелии и в Москве. Его кисть украшала институт геологии филиала Академии наук, Дворец детского творчества и трикотажную фабрику.